Είναι η παρουσία ενός μικροοργανισμού στο σώμα που επιτίθεται στους ιστούς της περιοχής αυτής, προκαλώντας δυσλειτουργία των οργάνων.
Αυτή η δυσλειτουργία μπορεί να προκαλέσει συμπτώματα (άρα και νόσο) ή να είναι ασυμπτωματική.

Αποικισμός είναι η παρουσία ενός μικροοργανισμού στο σώμα χωρίς να επηρεάζει τους ιστούς του σώματος στην περιοχή αυτή, ούτε να προκαλεί δυσλειτουργία των οργάνων.
Στις περισσότερες περιπτώσεις ο αποικισμός δεν απαιτεί αντιμικροβιακή θεραπεία.

Το ανθρώπινο μικροβίωμα είναι το σύνολο του γενετικού υλικού των μικροβίων που ζουν στο ανθρώπινο σώμα.
Συνήθως, ο όρος αυτός χρησιμοποιείται για να αναφερθεί σε όλα τα μικρόβια που υπάρχουν στο ανθρώπινο σώμα, αλλά αποδίδεται ελαφρώς διαφορετικά στα αγγλικά (human microbiota).

Το μικροβίωμα αποτελείται κυρίως από μικροοργανισμούς της γαστρεντερικής οδού, του αναπνευστικού συστήματος, της γεννητικής οδού και του δέρματος.
Τα κυρίαρχα συστατικά του μικροβιώματος είναι διάφοροι τύποι βακτηρίων, ακολουθούμενοι από μύκητες, ιούς (οι οποίοι δεν θεωρούνται μικροοργανισμοί με τη στενή έννοια του όρου) και παράσιτα.
Πολλοί από αυτούς τους μικροοργανισμούς ζουν συμβιωτικά με τον άνθρωπο, επιτελώντας κρίσιμες λειτουργίες, όπως η άμυνα του οργανισμού, διάφορες μεταβολικές διεργασίες κ.λπ.
Συνεπώς, το μικροβίωμα θεωρείται ένα πρόσθετο όργανο.

Οποιαδήποτε διαταραχή της φυσιολογικής δομής, σύνθεσης και λειτουργίας του ανθρώπινου μικροβιώματος μπορεί να προκαλέσει προβλήματα στη συνολική λειτουργία του οργανισμού.
Μάλιστα, τα τελευταία χρόνια υπάρχει τεράστιο ενδιαφέρον για την έρευνα σχετικά με τις μόνιμες ή παρατεταμένες διαταραχές του μικροβιώματος και τη συσχέτισή τους με σοβαρές ασθένειες όπως οι χρόνιες νευρολογικές παθήσεις και διάφορες μορφές καρκίνου.

Τα αντιμικροβιακά είναι φυσικές ή τεχνητά συντιθέμενες ουσίες που χρησιμοποιούνται για την καταπολέμηση των λοιμώξεων είτε σκοτώνοντας τους μικροοργανισμούς είτε αναστέλλοντας τον πολλαπλασιασμό τους, ώστε να δοθεί χρόνος στον ανθρώπινο οργανισμό να τους εξαλείψει.
Διακρίνονται στις ακόλουθες τέσσερις μεγάλες κατηγορίες: αντιβακτηριακά, αντιμυκητιασικά, αντιιικά και αντιπαρασιτικά.

Όλα τα εγκεκριμένα αντιμικροβιακά θεωρούνται ασφαλή.
Ωστόσο, οι παρενέργειες δεν μπορούν να αγνοηθούν και ποικίλλουν σε μεγάλο βαθμό ανάλογα με τον τύπο του αντιμικροβιακού και την κατάσταση της υγείας του ατόμου που το λαμβάνει, συμπεριλαμβανομένων τυχόν συννοσηροτήτων που μπορεί να έχει.
Πολλές από αυτές τις παρενέργειες δεν μπορούν να προβλεφθούν εκ των προτέρων.
Επιπλέον, υπάρχουν συγκεκριμένα κριτήρια για κάθε αντιμικροβιακό με βάση το ιατρικό ιστορικό και τις υποκείμενες παθήσεις του ασθενούς

Η σωστή χρήση των αντιμικροβιακών φαρμάκων έχει φέρει επανάσταση στην ιατρική και σε σχεδόν έναν αιώνα χορήγησής τους στους ανθρώπους, έχουν σώσει δισεκατομμύρια ζωές.
Είναι, ωστόσο, η υπερβολική ή κακή χρήση τους που δημιουργεί μεγάλα προβλήματα.
Από τη μία πλευρά, σκοτώνουν μικροοργανισμούς που αποτελούν ζωτικά συστατικά του φυσικού μας μικροβιώματος, διαταράσσοντας δραματικά τη λειτουργία του.
Από την άλλη πλευρά, η συχνή χρήση των αντιμικροβιακών καθιστά τους μικροοργανισμούς που καταπολεμούν ανθεκτικούς σε αυτά, καθιστώντας τα άχρηστα.
Το αποτέλεσμα είναι η δημιουργία πολυανθεκτικών στελεχών μικροοργανισμών, τα οποία μεταδίδονται εύκολα μεταξύ των ανθρώπων, ιδίως σε εγκαταστάσεις υγειονομικής περίθαλψης (νοσοκομεία, γηροκομεία, εγκαταστάσεις πρόνοιας κ.λπ.).
Η Κύπρος και η Ελλάδα, καθώς και άλλες μεσογειακές χώρες θεωρούνται παγκόσμιες θερμοκοιτίδες πολυανθεκτικών μικροοργανισμών, κυρίως λόγω της αλόγιστης χρήσης αντιμικροβιακών ουσιών, αλλά και λόγω ανεπαρκών (ή μη εφαρμοζόμενων) μέτρων πρόληψης και ελέγχου των λοιμώξεων.