Это присутствие в организме микроорганизма, который поражает ткани в данной области, вызывая дисфункцию органа.
Эта дисфункция может вызывать симптомы (следовательно, болезнь) или протекать бессимптомно.

Колонизация — это присутствие микроорганизма в организме, не затрагивающее ткани тела в этой области и не вызывающее дисфункции органов.
В большинстве случаев колонизация не требует противомикробного лечения.

Микробиом человека — это набор генетического материала микробов, живущих в человеческом теле.
Чаще всего этот термин используется для обозначения всех микробов, обитающих в человеческом теле, но в английском языке он звучит несколько иначе (human microbiota).

Микробиом состоит в основном из микроорганизмов желудочно-кишечного тракта, дыхательной системы, половых путей и кожи.
Преобладающими компонентами микробиома являются различные виды бактерий, за ними следуют грибы, вирусы (которые не считаются микроорганизмами в строгом смысле этого слова) и паразиты.
Многие из этих микроорганизмов живут с человеком симбиотически, выполняя важнейшие функции, такие как защита организма, различные метаболические процессы и т.д.
Поэтому микробиом считается дополнительным органом.

Любое нарушение нормальной структуры, состава и функции микробиома человека может привести к проблемам с функционированием организма в целом.
В последние годы наблюдается огромный интерес к исследованиям постоянных или длительных нарушений микробиома и их связи с такими серьезными заболеваниями, как хронические неврологические заболевания и различные формы рака.

Противомикробные препараты — это натуральные или искусственно синтезированные вещества, которые используются для борьбы с инфекциями, либо убивая микроорганизмы, либо подавляя их размножение, чтобы дать организму время на их уничтожение.
Они делятся на следующие четыре большие категории: антибактериальные, противогрибковые, противовирусные и противопаразитарные средства.

Все одобренные противомикробные препараты считаются безопасными.
Однако побочные эффекты нельзя игнорировать, они сильно варьируются в зависимости от типа противомикробного препарата и состояния здоровья человека, принимающего его, включая возможные сопутствующие заболевания.
Многие из этих побочных эффектов невозможно предсказать заранее.
Более того, для каждого противомикробного препарата существуют определенные критерии, основанные на истории болезни и сопутствующих заболеваниях пациента

Правильное использование противомикробных препаратов произвело революцию в медицине, и за почти столетие их применения на людях они спасли миллиарды жизней.
Однако именно их чрезмерное или неправильное использование создает серьезные проблемы.
С одной стороны, они убивают микроорганизмы, которые являются жизненно важными компонентами нашего естественного микробиома, резко нарушая его функционирование.
С другой стороны, частое использование противомикробных препаратов делает микроорганизмы, с которыми они борются, устойчивыми к ним, делая их бесполезными.
В результате появляются штаммы микроорганизмов с множественной лекарственной устойчивостью, которые легко передаются между людьми, особенно в медицинских учреждениях (больницах, домах престарелых, социальных учреждениях и т.д.).
Кипр и Греция, а также другие страны Средиземноморья считаются глобальными инкубаторами микроорганизмов с множественной лекарственной устойчивостью, в основном из-за неизбирательного использования противомикробных препаратов, а также из-за неадекватных (или невыполненных) мер профилактики и контроля инфекций.